Quello che tu chiedi è materia di studio di 2 discipline oggi in grande fermento: embriologia e organogenesi.
Nell'embrione, ad esempio, una singola cellula origina un organismo complesso costituito da cellule diverse in posizioni ben specifiche. Le conoscenze ad oggi sono ancora agli inizi.
Si ipotizza che il citoplasma della cellula uovo non sia uniforme, ma abbia una composizione in proteine diversa al suo interno tale che, quando si divide, le cellule figlie siano solo virtualmente identiche. In realtà l'ambiente in cui il DNA di ognuna si esprime è differente, e ciò influenza l'espressione dei geni e, quindi, la differenziazione della cellula in una direzione piuttosto che in un' altra.
Un discorso simile vale nel collocamento dei diversi tipi cellulari a formare tessuti e organi: la presenza di un certo tipo di cellule crea un microambiente tale, grazie alla secrezione delle cellule stesse, da favorire lo sviluppo di cellule dello stesso tipo. Questo è il motivo per cui si spera nel potenziale rigenerativo delle cellule staminali: si spera che, poste in corrispondenza di un organo danneggiato, ad esempio un cuore infartuato, queste cellule non ancora differenziate si differenzino in cellule tipiche di quell'organo, nell'esempio in cellule muscolari cardiache.
Comunque questo è ancora uno degli argomenti piu' oscuri della biologia.